Facultad de Agronomía y Agroindustrias
– Instituto de ciencias químicas (ICQ)
– Instituto de ciencia y tecnología de alimentos (ICyTA)
– Centro de investigaciones apícolas (CEDIA)
– Instituto para el desarrollo del árido y semiárido (INDEAS)
– Instituto de Investigación y Estudios en Enseñanzas de las Ciencias (IIEEC)
Facultad de Ciencias Exactas y Tecnologías
– Instituto de Tecnologías Aplicadas (ITA)
– Instituto de Recursos Hídricos (IRHi)
– Instituto de Materiales, Estructuras y Construcciones (IMEC)
– Instituto de Investigación en Informática y Sistemas de Información (IIISI)
Facultad de Ciencias Forestales
– Instituto de protección vegetal (INPROVE)
– Instituto de silvicultura y manejo (INSIMA)
– Instituto tecnológico de la madera (ITM)
– Instituto de Tecnologías Aplicadas (ITA)
Facultad de Humanidades, Ciencias Sociales y de la Salud
– Instituto de Estudios Sociales para el Desarrollo (INDES)
– Instituto de Investigación de Derecho del Mercosur Comunitario y Comparado (INDERMERC)
– Instituto Interdisciplinario y Regional de Investigación y Estudios en Gerontología (IIRGe)
– Instituto de Estudios para la Administración Pública (IDEAP)
– Centro de Estudios de Demografía y Población (CEDEP)
– Centro de Estudios en Ciencias Económicas (CECE)
– Centro de Investigaciones y Estudios en Educación Superior (CIEES)
– Centro de estudios y políticas para el niño y el adolescente (CEPNA)
Institutos que no pertenecen a facultades
– Instituto de Estudios Ambientales y Desarrollo Rural de la Llanura Chaqueña (IEADeR)